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新捕捉或空运回来的鱼类，如未经隔离，很容易把寄生虫、霉菌等带入水族箱中，检疫是防止新鱼把病菌带入水族箱的唯一方法。检疫的作用是用一连串的观察，操作以及适当的药物，达到去除病原体的目的，预防疾病。 检疫方法1 设几个小水族箱，专供海水观赏鱼检疫用，容量40～60升不等，按鱼类的大小和数量而定，这种水族箱要装配外部过滤器(当使用药物时，过滤器中不要用活性碳或树脂)，要安装充氧设备和加热管，箱底放些珊瑚和石头作为鱼隐蔽之处。 检疫方法2 把新的鱼隔离两个星期，第一个星期是决定鱼的好与坏，生与死的关键，所有的新鱼均需隔离检疫，防止把病原体带入健康鱼的水族箱中，隔离还可以使新鱼适应环境。 检疫方法3 当鱼类放入检疫水族箱时，要注意观察： (1)鱼有没有受伤，瘀血和松鳍的情况; (2)有没有呼吸急促，不断地把鱼体向石块上磨擦，或呈现明显的白点等现象; (3)皮肤上有没有灰白色的薄纱状东西出现; (4)眼睛上有没有白色腊; (5)鱼是不是喜欢在水面停留。 检疫方法4 检疫通常采用硫酸铜、甲醛(福尔马林)，以防止小白点和大白点病，清除鱼体上的寄生虫和桡足类。每天检查药的浓度(0.25%～0.30%)以便随时调整，尽量在10天内保持一定的浓度。硫酸铜可与37%甲醛或亚甲基蓝合用，但不能与抗菌药——磺胺药合用。 检疫方法5 加入马苏定，对甲壳类感梁病疗效显着，浓度是每一kg水加入0.75克马苏定。 检疫方法6 不要乱用抗生素，当鱼有病时，要对症下药，否则会造成抗药性病菌。新鱼有明显的外伤和细菌感染，应该使用抗生素呋喃唑酮等。
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