海水鱼水族箱管理中及时的加补纯水，是不可忽视的操作环节，尤其对于未加盖的水族箱，海水经过不断蒸发，而逐渐减少若不及时加水，会导致盐度过高，使鱼类渗透压急剧改变，直接威胁到鱼的生命，因此在水族箱注满水后，应及时记录水位高低，以便以后补注水时作为参考。
尽管现代水族箱因过滤系统的运作，可大大减少换水次数，但硝酸盐积累过多时，仍毒害鱼内，这时最有效的方法就是及时换水。海水水族箱的换水量和换水频率是以水族箱的大小、鱼只的数量、过滤系统有益微生物繁殖状况、饵料的种类等来考量的，要根据具体情况具体掌握。通常每20～30天需换一次水，换水量为总水量的20～25％，具体操作步骤如下：
为防止加热器爆炸、漏电等破坏器具的现象发生，换水时提前5分钟切断照明、加热、打气、过滤所有设备的电源移出加热棒等器具；利用虹吸管抽取沉淀在珊瑚砂上的脏物，和浮于水中的杂物抽出的旧水中清洗清洗沉淀于加热器上的碳酸钙，并将珊瑚放入清水中浸泡一段时间；利用水泵抽入新配制的海水，加至原水位；放回所有物件，打开电源，观察各种设备运行是否正常。
当水族箱底床过滤砂蓄积过多污物时，会阻碍水的流通性，影响水质过滤效果，此时就需要清洗整个水族箱。对于新设立的水族箱每年只需清洗一次，旧水族箱也只需要每4～6个月清洗一次即可。清洗程序要领与换水时相同，在抽水时水族箱底部要保留7厘米的海水，捞出鱼后利用底层海水清洗珊瑚砂和底部过滤板，然后抽出脏水，重新铺好过滤底层，布设好原有器具装饰品。将抽出的海水倒回水族箱，未达到水位的部分，用人工海水补足，开启气泵增加溶氧，经过半小时海水变得澄清后放回鱼只。
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