新捕捉或空运回来的鱼类，如未经隔离，很容易把寄生虫、霉菌等带入水族箱中，检疫是防止新鱼把病菌带入水族箱的唯一方法。检疫的作用是用一连串的观察，操作以及适当的药物，达到去除病原体的目的，预防疾病。
检疫方法1.设几个小水族箱，专供海水观赏鱼检疫用，容量４０～６０升不等，按鱼类的大小和数量而定，这种水族箱要装配外部过滤器（当使用药物时，过滤器中不要用活性碳或树脂），要安装充氧设备和加热管，箱底放些珊瑚和石头作为鱼隐蔽之处。
检疫方法2.把新的鱼隔离两个星期，第一个星期是决定鱼的好与坏，生与死的关键，所有的新鱼均需隔离检疫，防止把病原体带入健康鱼的水族箱中，隔离还可以使新鱼适应环境。
检疫方法3.当鱼类放入检疫水族箱时，要注意观察： （1）鱼有没有受伤，瘀血和松鳍的情况 （2）有没有呼吸急促，不断地把鱼体向石块上磨擦，或呈现明显的白点等现象 （3）皮肤上有没有灰白色的薄纱状东西出现 （4）眼睛上有没有白色腊 （5）鱼是不是喜欢在水面停留。
检疫方法4.检疫通常采用硫酸铜、甲醛（福尔马林），以防止小白点和大白点病，清除鱼体上的寄生虫和桡足类。每天检查药的浓度（0.25％～0.30％）以便随时调整，尽量在10天内保持一定的浓度。硫酸铜可与３７％甲醛或亚甲基蓝合用，但不能与抗菌药——磺胺药合用。
检疫方法5.加入马苏定，对甲壳类感梁病疗效显着，浓度是每一ｋｇ水加入０。７５克马苏定。
检疫方法6.不要乱用抗生素，当鱼有病时，要对症下药，否则会造成抗药性病菌。新鱼有明显的外伤和细菌感染，应该使用抗生素呋喃唑酮等。我们应该熟悉鱼类的习性，观察鱼在检疫期的行为。新鱼如在两星期内情况良好，便可加入到水族箱内观赏。当一批鱼正接受检疫进，不要临时再加入新鱼在同一个检疫水族箱中检疫。
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