在小丑鱼繁殖中，一个团体具有生殖能力的公鱼和母鱼只能有一对，因此如果当母鱼不幸死去，体态最大的公鱼就会转变成母鱼，继续肩负传宗接待任务。且小丑鱼是属于标准的母系社会，因此母鱼产卵后，公鱼需负责护卵的工作，还要不断摆动胸鳍提供鱼卵氧气，相当幸苦。尤其是快孵出来的时候，大概超过半小时没煽，那些卵就会死掉。
小丑鱼平均每个月就会产卵两次，一次可产三百到六百颗卵，从产卵到孵化的过程只要六天，小丑鱼繁殖期间，小丑鱼父亲会一直待在鱼卵旁照顾，直到新生命能健康诞生为止。实行一夫一妻制的小丑鱼却不会从一而终。如果母鱼死亡，雄鱼大约在二个星期内就会自动变性为雌鱼；然后由体型第二大的雄鱼接替。不过，这种性别转变的机制是不可逆的。
借着此一机制，得以确保群体中必定保有一对负责小丑鱼繁殖的种鱼，使后代能够顺利延续，而严明的阶级组织则可避免族群繁衍过多的危机，并维持雌、雄种鱼的优势。而我们了解小丑鱼繁殖的习性，对小丑鱼怎么养也有一定的帮助。
